Musim kedua Dr. Stone.
Dimulai pada April 5738 M, sudah lebih dari 3.700 tahun sejak kilatan cahaya misterius membatu hampir di seluruh kehidupan manusia. Seorang jenius berusia 18 tahun bernama Senkū Ishigami tiba-tiba dihidupkan kembali untuk menemukan dirinya di dunia di mana semua jejak peradaban manusia telah terkikis oleh waktu. Senkū mendirikan markas dan mulai mempelajari manusia yang membatu untuk menentukan penyebab kejadian tersebut, serta obatnya.
Selama 6 bulan ke depan, Senkū belajar bahwa kebangkitannya dimungkinkan dengan asam nitrat. Dengan penemuan ini, dia mengembangkan senyawa yang akan memungkinkannya untuk menghidupkan kembali orang lain secara instan. Dia mulai dengan menghidupkan kembali temannya Taiju Ōki, teman sekelas mereka Yuzuriha Ogawa, dan seorang seniman bela diri terkenal bernama Tsukasa Shishiō, dengan tujuan membangun kembali peradaban dengan fokus pada sains.
Tsukasa akhirnya mengungkapkan bahwa ia menentang gagasan Senku untuk membentuk peradaban ilmiah baru, percaya bahwa dunia lama telah ternoda dan tidak boleh dipulihkan. Sebaliknya, dia ingin mendirikan tatanan dunia baru berdasarkan kekuatan dan kekuatan, bahkan menghancurkan orang dewasa yang ketakutan yang dia temui untuk mencegah mereka mengganggu tujuannya.
