Dalam perjalanan ke sekolah, Hiiro Ryuugasaki mendengar suara aneh yang datang dari gudang penyimpanannya. Saat dia mencari tempat itu, dia menemukan sebuah smartphone dengan permainan kartu digital populer “Shadowverse” yang sudah terpasang. Dengan asumsi bahwa kakeknya akhirnya memutuskan untuk membelikannya smartphone setelah permintaan yang tak terhitung jumlahnya, Hiiro tidak menemukan ada yang salah.
Kemudian pada hari itu, Hiiro menerima berita mengkhawatirkan mengenai teman sekelasnya, Mimori Amamiya. Dia telah kehilangan korban lain dari Takuma Kibakura, sesama pemain Shadowverse yang menindas lawannya dengan menyita ponsel mereka setelah dia mengalahkan mereka dalam pertempuran. Bertekad untuk mengambil kembali ponsel pintar Mimori, Hiiro memasuki dunia baru yang menarik, penuh dengan pertandingan intens dan lawan Shadowverse yang sengit—termasuk Lucia Yonazuki yang tangguh.
