Bertahun-tahun setelah kejahatan kuno diselamatkan dari kedalaman laut, Joutarou Kuujou duduk dengan damai di dalam sel penjara Jepang. Dia tidak melakukan kejahatan namun menuntut agar dia tidak dibebaskan, karena percaya bahwa dia telah dirasuki oleh roh jahat yang mampu menyakiti orang-orang di sekitarnya. Prihatin dengan putranya, Holy Kuujou meminta ayahnya, Joseph Joestar, untuk meyakinkan Joutarou agar meninggalkan penjara. Joseph memberi tahu cucunya bahwa “roh jahat” sebenarnya adalah sesuatu yang disebut “Stand”, manifestasi fisik dari semangat juang seseorang yang dapat mengambil berbagai bentuk mematikan. Setelah perkelahian sengit dengan teman Joseph, Muhammad Avdol, Joutarou dipaksa keluar dari selnya dan mulai belajar cara mengendalikan kekuatan Stand-nya.
Namun, ketika Stand terbangun di dalam Holy dan mengancam akan memakannya dalam 50 hari, Joutarou, kakeknya, dan sekutu mereka harus mencari dan menghancurkan vampir abadi yang bertanggung jawab atas kondisinya. Mereka harus melakukan perjalanan melintasi belahan dunia ke Kairo, Mesir dan di sepanjang jalan, bertempur dengan pengguna Stand ganas yang ingin menggagalkan mereka. Jika Joutarou dan sekutunya gagal dalam misi mereka, umat manusia ditakdirkan mengalami nasib buruk.
