Selama tiga tahun terakhir, Sekolah Menengah Teikou telah mendominasi kancah bola basket nasional dengan jajaran pemain legendarisnya: “Generasi Keajaiban”. Terdiri dari lima anak ajaib yang unggul dalam olahraga tersebut, namun “Phantom Sixth Man” bersembunyi di balik bayang-bayang dan membantu tim mendapatkan status terhormat. Akhirnya, pertumbuhan mereka yang luar biasa membuat mereka letih dari olahraga yang mereka sukai dan membuat mereka berpisah di sekolah menengah.
Untuk mencari anggota baru, tim bola basket SMA Seirin merekrut Taiga Kagami dan Tetsuya Kuroko, dua mahasiswa baru yang tampaknya memiliki perbedaan kemampuan yang signifikan. Baru saja kembali dari Amerika, Kagami memiliki bakat alami dan kecintaan yang tiada henti terhadap olahraga ini. Sementara itu, Kuroko kurang hadir dan tidak menunjukkan bakat atletik yang luar biasa. Namun, kemudian terungkap bahwa dia adalah Manusia Keenam Phantom Teikou—pemain yang pernah menjadi bagian dari Generasi Keajaiban.
Kuroko ingin membuktikan kepada tim Seirin bahwa dia kuat dengan caranya sendiri. Melihat keyakinannya, Kagami membentuk kemitraan dinamis dengan Kuroko, Kuroko berjanji untuk mendukung “cahaya” Kagami sebagai “bayangan” -nya. Bersama rekan satu tim baru mereka di Seirin, mereka bertujuan untuk menaklukkan kejuaraan Interhigh yang akan datang, namun kemunculan kembali mantan rekan satu tim Kuroko mempersulit rencana mereka.
